Дипломатические отношения между Эстонией и Кыргызстаном были установлены 12 апреля 1996 года.
Посол Эстонии в Кыргызстане — Яап Ора, который проживает в Астане.
В настоящее время у Кыргызстана нет аккредитованного в Эстонии посла.
Единственный визит высокого уровня — официальный визит премьер-министра Эстонии Андруса Ансипа в Кыргызстан 12–13 декабря 2013 года. Состоялись встречи с премьер-министром Кыргызстана Жанторо Сатыбалдиевым, президентом Алмазбеком Атамбаевым и председателем парламента Асылбеком Жээнбековым. Премьер-министр открыл экономический круглый стол с участием эстонской бизнес-делегации, а также открыл почётное консульство Эстонии.
В октябре 2018 года Эстонию посетил спикер парламента Кыргызстана Дастанбек Джумабеков, который встретился с председателем Рийгикогу Эйки Нестором и премьер-министром Юри Ратасом.
Политические консультации между министерствами иностранных дел Эстонии и Кыргызстана состоялись в ноябре 2018 года.
Внешние договоры между Эстонией и Кыргызстаном см. в Государственном вестнике.
Более точные данные о товарообороте с Кыргызстаном см. в Статистическом департаменте.
По инициативе посольства Эстонии была организована передача эстонской культуры в Кыргызстан. Эстонские фильмы демонстрируются на международных кинофестивалях в Кыргызстане. В 2012 году вышло пересказанное на эстонском языке с многочисленными иллюстрациями и рунами эпическое произведение киргизов «Манас» (составитель — Пеэтер Илус, издательство Penikoorem).
Эстония поддержала в Кыргызстане ряд проектов в сфере развития, крупнейшим из которых является аналог эстонской X-Road — Tunduk, созданный в сотрудничестве с эстонской Академией электронного управления (eGA) и Агентством США по международному развитию (USAID).]